Τα τελευταία χρόνια η νομοθεσία για την προστασία της φύσης στην Ευρώπη τέθηκε υπό αξιολόγηση στο πλαίσιο της διαδικασίας ελέγχου καταλληλόλητας της ενωσιακής νομοθεσίας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Συγκεκριμένα αξιολογήθηκε κατά πόσο οι δύο θεμελιώδεις οδηγίες για τη φύση (οδηγία 92/43/ΕΟΚ για τους οικοτόπους και 2009/147/ΕΚ για τα άγρια πτηνά) επιτελούν τον σκοπό τους. Το συμπέρασμα ήταν ότι οι οδηγίες για τη φύση είναι κατάλληλες, ωστόσο η πλήρης επίτευξη των στόχων τους θα εξαρτηθεί από τη βελτίωση της εφαρμογής τους.
Με δεδομένο αυτό το συμπέρασμα, τίθεται το ερώτημα ποια είναι η κατάσταση εφαρμογής και ποιοι μπορεί να είναι οι τρόποι και τα μέσα για τη βελτίωση εφαρμογής.
Η παρούσα μελέτη καταγράφει συνοπτικά την κατάσταση εφαρμογής των ευρωπαϊκών οδηγιών στην Ευρώπη πριν εστιάσει στη συστηματική καταγραφή της κατάστασης εφαρμογής των οδηγιών στην Ελλάδα. H καταγραφή αυτή αφορά κυρίως στις νομικές προβλέψεις της οδηγίας και εντοπίζει τα σημαντικά κενά στην ολοκλήρωση του δικτύου Natura 2000 και κυρίως στη διαχείριση των περιοχών Natura 2000 και στη διασφάλιση ειδών και οικοτόπων, τα ελλείμματα στην εφαρμογή διατάξεων όπως είναι η δέουσα εκτίμηση των επιπτώσεων, η παρακολούθηση της κατάστασης εφαρμογής και η προώθηση της οικολογικής συνοχής καθώς και προβλήματα που αφορούν τη δυνατότητα εφαρμογής των οδηγιών που αφορούν στην χρηματοδότηση και τη συμμετοχή εμπλεκόμενων φορέων.
Η μελέτη καταλήγει σε μία σειρά προτάσεων συνοπτικά για την ευρωπαϊκή κλίμακα και πιο αναλυτικά για την Ελλάδα. Οι προτάσεις περιλαμβάνουν συνοπτικά 1) την ολοκλήρωση του δικτύου Natura 2000, κυρίως των θαλάσσιων περιοχών, 2) την ολοκλήρωση του χαρακτηρισμού των περιοχών ως Ειδικών Ζωνών Διατήρησης με ορισμό στόχων διατήρησης, 3) την ολοκλήρωση του εθνικού συστήματος προστατευόμενων περιοχών ως προς τη διοίκηση και λειτουργία του, 4) την εφαρμογή μέτρων διαχείρισης βάσει εγκεκριμένων σχεδίων διαχείρισης, 5) την αποφυγή υποβάθμισης των περιοχών και την εφαρμογή δέουσας εκτίμησης, 6) την θέσπιση σχεδίων δράσεων ειδών, 7) τη διασφάλιση επαρκούς χρηματοδοτήσεως και 8) την ενίσχυση των συμμετοχικών δομών και των ευκαιριών συνδιαχείρισης των περιοχών.