Στο πλαίσιο των εθνικών και κοινοτικών επιταγών για την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος η ευρύτερη έκτα­ση στην οποία εμπίπτουν οι περιοχές του Ευρωπαϊκού Οικολογικού Δικτύου Natura 2000 (Οδηγία 92/43 ΕΟΚ) με τίτλο «Εθνικό Πάρκο Σχινιά» με κωδικό GR 3000003 (E.Z.Δ.) και «Υγρότοπος Σχινιά» με κωδικό GR 3000016 (Ζ.Ε.Π.), έχει χαρακτηρισθεί με το σχετικό Π.Δ. ως «Εθνικό Πάρκο Σχινιά-Μαραθώνα» (Ε.ΠΑ.Σ.Μ.) σύμφωνα ειδικότερα με τις διατάξεις του άρθρου 21 του σχετικού νόμου.

Στο πευκοδάσος (ζώνη Α3) και σε χώρο ιδιοκτησίας του Οικοδομικού Συνεταιρισμού Δικαστών και Εισαγγελέων λειτουργούν (-σαν) από το έτος 1964, οκτώ (8) καταστήματα υγειονομικού ενδιαφέροντος. Το έτος 1999 (προ χαρα­κτηρισμού της περιοχής ως Εθνικού Πάρκου με Προεδρικό Διάταγμα, και ιδρύσεως του Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Πάρκου Σχινιά – Μαραθώνα) εκδοθήκαν πρωτόκολλα κατεδάφισης για τα εν λόγω κτίσματα από την αρμόδια Δασι­κή Υπηρεσία.

Το 2007 ο Γενικός Επιθεωρητής Ελεγκτής Δημόσιας Διοίκησης προχώρησε σε έρευνα για το καθεστώς των αυθαί­ρετων κτισμάτων στον αιγιαλό του Εθνικού Πάρκου. Το έτος 2009 εκδόθηκε η τελική έκθεση ελέγχου του Γενικού Επιθεωρητή Δημοσίας Διοίκησης για την περιοχή του αιγιαλού του ΕΠΑΣΜ. Μεταξύ άλλων αναφέρεται ότι: «Οι υποθέσεις των κατεδαφίσεων των αυθαιρέτων κτισμάτων που βρίσκονται στον αιγιαλό του Εθνικού Πάρκου Σχινιά - Μαραθώνα, έχουν κριθεί αυτοτελώς, τελεσίδικα και επιπλέον η διοικητική ή δικαστική προστασία των απλών μι­σθωτών των αυθαιρέτων ακινήτων, όπως και κάθε άλλου είδους ισχυρισμοί για την ουσία της υπόθεσης προβαλλό­μενοι από τους ίδιους, εφόσον δεν προβλήθηκαν στα πλαίσια της δικαστικής διαδικασίας, δεν μπορεί να έχει καμία έννομη επίδραση στην ισχύ της τελεσιδικίας των πρωτοκόλλων κατεδάφισης σε βάρος των ιδιοκτητών προς τους οποίους εκτελούνται τα πρωτόκολλα αυτά».

Στις 10/02/2011 διαβιβάζεται από το εποπτεύον Υπουργείο Περιβάλλοντος κατεπείγον έγγραφο προς το ΦΟΔΕ­ΠΑΣΜ για ενημέρωση σχετικά με την υποβάθμιση του υγροτόπου του Σχινιά. Ως κομβικό θέμα ετέθη το ζήτημα της συνέχισης της λειτουργίας των καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος στη Ζώνη Α3 του Εθνικού Πάρκου. Το Νοέμβριο του 2013 η Γενική Διεύθυνση Περιβάλλοντος επανέρχεται με νέα επιστολή της για το ζήτημα της υποβάθμισης του υγροτόπου του Σχινιά (ο κωδικός της εν λόγω υπόθεσης διερεύνησης για τη συμβατότητα με την ισχύουσα με την κοινοτική νομοθεσία είναι ο EU-PILOT 5712/2013).

Τον Δεκέμβριο του 2015, η Πολιτεία, μέσω των αρμοδίων υπηρεσιών της (Αποκεντρωμένη Διοίκηση Αττικής, Τμή­μα Επιθεώρησης Δόμησης και Κατεδαφίσεων του ΥΠΕΝ) προχώρησε στην μερική υλοποίηση κατεδάφισης των 3 εκ των 8 αυθαιρέτων κτισμάτων. Έως σήμερα τα υπόλοιπα 5 ΚΥΕ λειτουργούν με άδεια του Δήμου Μαραθώνα 18 ολόκληρα χρόνια από την απόφαση κατεδάφισης τους.