Ως σύστημα επιφανειακών υδάτων ορίζεται ένα διακεκριμένο και σημαντικό οικοσύστημα, όπως π.χ. μία λίμνη, ένας ταμιευτήρας, ένα ρέμα, ένας ποταμός, τα μεταβατικά ύδατα ή ένας δελταϊκός σχηματισμός. Ο προσδιορισμός των συστημάτων αυτών βασίζεται σε γεωγραφικά και υδρολογικά κριτήρια. Επίσης, ένα αναπόσπαστο τμήμα των επιφανειακών υδάτων είναι και η βιολογική κατάστασή των. Τα ποτάμια συστήματα εμφανίζουν μεγάλη ποικιλότη­τα σε ό,τι αφορά την υδρομορφολογία τους και, παρότι έχουν μελετηθεί σε αρκετές χώρες εκτενώς ως προς την απόκρισή τους σε διάφορες μορφές πιέσεων, η παρακολούθηση των επιπτώσεων στις βιοκοινότητες παραμένει περίπλοκη. Η επιλογή των ποιοτικών στοιχείων παρακολούθησης εξαρτάται από το μέγεθος του ποτάμιου συ­στήματος, τη διαθεσιμότητα δεδομένων και μεθόδων παρακολούθησης, καθώς και από την γνώση για σημαντικές μορφές πιέσεων. Η χρήση μακροασπόνδυλων για την αξιολόγηση των επιπτώσεων της οργανικής ρύπανσης ειδικά στους ποταμούς, εφαρμόζεται ευρέως στην Ευρώπη, και γενικά, παραμένει η πιο κοινή μέθοδος για την παρακολού­θηση και ταξινόμηση της οικολογικής των κατάστασης. Η χρήση της ιχθυοπανίδας για την ταξινόμηση της οικολογι­κής κατάστασης στα οικοσυστήματα αυτά είναι σχετικώς διαδεδομένη στην Ευρώπη. Παρότι είναι γενικά παραδε­κτό ότι οι ιχθείς αποτελούν σημαντικούς δείκτες της κατάστασής των, οι μέθοδοι δειγματοληψίας απαιτούν ειδικό εξοπλισμό και τα αποτελέσματα σπανίως ερμηνεύονται κατάλληλα. Η παρακολούθηση της σύστασης και αφθονίας μακροφυτικών κοινοτήτων προσφέρεται για την αξιολόγηση των επιπτώσεων του ευτροφισμού σε ποταμούς μι­κρού και μεσαίου μεγέθους. Το φυτοβένθος δεν χρησιμοποιείται ιδιαιτέρως στην Ευρώπη, παρότι τα διάτομα και τα νηματοειδή φύκη θεωρούνται αποτελεσματικοί δείκτες για την αξιολόγηση των επιπτώσεων του ευτροφισμού. Άλλοι βασικοί παράμετροι για την οικολογική ταξινόμηση ενός συστήματος εσωτερικών υδάτων είναι τα υδρο­μορφολογικά, τα χημικά και φυσικοχημικά στοιχεία. Για την προστασία και διατήρηση της βιοποικιλότητας και τη συνετή χρήση των φυσικών πόρων, η διαχείριση θα πρέπει να σχεδιάζεται λαμβάνοντας υπόψη όλα τα παραπάνω στοιχεία. Η σημασία της ορθολογικής διαχείρισης των επιφανειακών υδάτων μέσω σχεδιασμού προγραμμάτων παρακολούθησης των ποιοτικών τους παραμέτρων, τα τελευταία χρόνια, αποτελεί σημαντική προτεραιότητα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, η οποία, αναγνωρίζοντας τη σημασία κοινού καθορισμού ελάχιστων ποιοτικών απαιτήσεων των επιφανειακών υδάτων, έχει προβεί στη δημιουργία του απαραίτητου νομοθετικού πλαισίου θεσπίζοντας συ­γκεκριμένα πρότυπα και οδηγίες. Κατ’ αντιστοιχία, η Ελληνική Εθνική Νομοθεσία ακολουθώντας τις Ευρωπαϊκές Οδηγίες έχει δημιουργήσει το αντίστοιχο νομοθετικό πλαίσιο παρακολούθησης και προστασίας της ποιότητας των επιφανειακών υδάτων της χώρας. Σε αυτό το διαχειριστικό και νομοθετικό σχεδιασμό σημαντικό ρόλο μπορούν να διαδραματίσουν τα αντίστοιχα Ερευνητικά Κέντρα και Εκπαιδευτικά Ιδρύματα για την δημιουργία χαρτών βιοποικι­λότητας και την θέσπιση αντίστοιχου Νομοθετικού Πλαισίου σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο.