Η Ευρωπαϊκή Ένωση διαθέτει νομικό και θεσμικό πλαίσιο προστασίας της βιοποικιλότητα από τα πλέον πρωτοπό­ρα παγκοσμίως, με ακρογωνιαίο λίθο τις οδηγίες για τα Άγρια Πτηνά (79/409/ ΕΟΚ) και για τους Οικοτόπους (92/43/ ΕΟΚ) που αποτελούν τη βάση του ευρωπαϊκού δικτύου προστατευόμενων περιοχών Natura 2000. Οι δύο οδηγίες συμβάλλουν στην επίτευξη των σκοπών διεθνών συμβάσεων όπως η Σύμβαση για τη Βιοποικιλότητα και η Σύμβαση της Βέρνης. Επιπλέον αυτών των δύο οδηγιών, υπάρχουν και άλλες οδηγίες που συμπληρώνουν το νομικό και θε­σμικό πλαίσιο προστασίας της βιοποικιλότητας στην ΕΕ.

Μια από τις πλέον βασικές είναι η Οδηγία πλαίσιο για τα Ύδατα (WFD, 2000/60/ΕΚ), την οποία εφαρμόζει μέσω πολλών Ερευνητικών και Επιχειρησιακών Προγραμμάτων το Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών στα εσωτερικά και παράκτια ύδατα της χώρας καταγράφοντας και επεξεργάζοντας μια σειρά δεδομένων βιοτικών και αβιοτικών παραμέτρων σε ένα ευρύ δίκτυο σταθμών παρακολούθησης. Ένας από τους σημαντικότερους στόχους της παρα­πάνω οδηγίας είναι η επίτευξη της εξάλειψης των επικίνδυνων ουσιών προτεραιότητας και η εξασφάλιση καλής ποιότητας επιφανειακών υδάτων καθώς επίσης και η επιβολή έγκαιρων δράσεων και ο σταθερός μακροπρόθεσμος σχεδιασμός μέτρων προστασίας.

Με βάση τα αποτελέσματα από διάφορα προγράμματα παρακολούθησης των επιφανειακών υδάτων της χώρας έχει αποδειχθεί ότι σε αρκετά υδάτινα σώματα, τα οποία βρίσκονται εκτός του σταθερού δικτύου παρακολούθησης και ταυτόχρονα δέχονται σημαντικές πιέσεις από βιομηχανικές μονάδες όπως ελαιοτριβεία, χυμοποιεία κ.α, κατα­γράφονται αυξημένες συγκεντρώσεις ορισμένων ενώσεων προτεραιότητας (priority substances). Ειδικά κατά την διάρκεια της υγρής περιόδου σε όλες σχεδόν τις ελαιοπαραγωγικές περιοχές ανιχνεύονται παραδείγματος χάριν σημαντικά αυξημένες συγκεντρώσεις ολικών φαινολών, οι οποίες ανήκουν στην κατηγορία των ενώσεων προτεραι­ότητας σύμφωνα με την Ευρωπαϊκή και την Ελληνική Νομοθεσία.

Οι εποχιακοί ρύποι που προέρχονται από βιομηχανικές δραστηριότητες (ελαιοτριβεία, οινοποιεία, εργοστάσια επε­ξεργασίας οπωροκηπευτικών κ.α.) χρήζουν ιδιαίτερης αντιμετώπισης καθώς οι απορροές των αποβλήτων τους στις λεκάνες απορροής δημιουργούν έντονα προβλήματα εφόσον παράγονται σε μεγάλες ποσότητες και για περιο­ρισμένο χρονικό διάστημα. Με βάση τα στοιχεία αυτά προτείνεται η ένταξη στο σταθερό δίκτυο παρακολούθησης όλων των λεκανών απορροής που επηρεάζονται από αυξημένη και εποχιακή βιομηχανική δραστηριότητα.