Η διοίκηση και διαχείριση των προστατευόμενων περιοχών του άρθρου 18 του ν. 1650/86 για πρώτη φορά ρυθμί­στηκε το 1999, όταν ο νομοθέτης με τον ν. 2742/1999 δημιούργησε το θεσμό των Φορέων Διαχείρισης Προστατευ­όμενων Περιοχών (ΦΔΠΠ) ενώ παράλληλα έδωσε και άλλες δυνατότητες ανάθεσης της διαχείρισης σε δημόσιες υπηρεσίες ή νομικά πρόσωπα. Ωστόσο, μέχρι σήμερα έχουν εφαρμοστεί μόνο οι διατάξεις που αφορούν τους ΦΔΠΠ χωρίς να χρησιμοποιηθούν από την διοίκηση οι άλλες δυνατότητες που προβλέπονται. Έχουν συστηθεί 28 ΦΔΠΠ οι οποίοι καλύπτουν περίπου το 30 % των περιοχών του Δικτύου Natura 2000. Οι ΦΔΠΠ αποτέλεσαν την επιλογή που εφαρμόστηκε για την διοίκηση και διαχείριση των προστατευόμενων περιοχών της χώρας τα τελευταία 15 χρόνια. Όμως, ο θεσμός των ΦΔΠΠ δεν έχει σταθερή αντιμετώπιση από τον νομοθέτη. Ειδικότερα, ενώ με τον ν. 4109/2013 προβλέφθηκε η συγχώνευση και κατάργηση ορισμένων από τους ΦΔΠΠ, η εφαρμογή αυτού του νόμου έχει ήδη ανα­σταλεί τρεις συνεχόμενες φορές και η λειτουργία των ΦΔΠΠ ως έχουν, έχει παραταθεί ως το τέλος του 2017. Υπό τα δεδομένα αυτά, το θεσμικό πλαίσιο και η εξέλιξη των φορέων παραμένει αβέβαιη προς το παρόν με συνέπεια την εν δυνάμει διακινδύνευση των προστατευόμενων περιοχών. Αρμόδιο για τον συντονισμό, την καθοδήγηση και τον έλεγχο του έργου των ΦΔΠΠ είναι το Τμήμα Βιοποικιλότητας και Προστατευόμενων Περιοχών του ΥΠΕΝ, το οποίο είναι δυστυχώς υποστελεχωμένο με συνέπεια την μείωση της αποτελεσματικότητας του συστήματος διοίκησης και διαχείρισης.

Το διάστημα 2010-2015 οι ΦΔΠΠ έλαβαν σημαντική χρηματοδότηση από το ΕΣΠΑ και έγινε σημαντικό έργο σε πολ­λές προστατευόμενες περιοχές. Όμως από το 2016 δεν χρηματοδοτούνται από κοινοτικούς ή εθνικούς πόρους μέτρα διαχείρισης ή άλλες αναγκαίες δράσεις και οι ΦΔΠΠ υπολειτουργούν. Τα τελευταία χρόνια γίνονται προσπά­θειες για την τροποποίηση του σχεδιασμού του συστήματος ΦΔΠΠ, όμως δεν έχει οριστικοποιηθεί το σχήμα της διοίκησης και διαχείρισης των προστατευόμενων περιοχών της χώρας.

Οι θεσμοθετημένες αρμοδιότητες των ΦΔΠΠ θα πρέπει να αναθεωρηθούν και να βελτιωθούν με βάση την εμπειρία λειτουργίας των 15 ετών έτσι ώστε να έχουν αυξημένη αποτελεσματικότητα στην προστασία των περιοχών. Αυτές σχετίζονται με την παρακολούθηση της βιοποικιλότητας, την εκπόνηση και ευθύνη υλοποίησης Σχεδίων Διαχείρι­σης, την επόπτευση – φύλαξη, την γνωμοδότηση των έργων, κλπ. Ζητούμενο είναι η κατοχύρωση και ενδυνάμωση των ΦΔΠΠ, ώστε να παράγεται πιο άμεσα αποτέλεσμα για την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος και της βιο­ποικιλότητας.

Κατά την γνώμη του ΦΔ Δέλτα Αξιού είναι επείγουσα ανάγκη να ληφθούν αποφάσεις για το θέμα των προστατευό­μενων περιοχών προκειμένου η διοίκηση και διαχείρισή τους να καταστεί περισσότερο συνεκτική και αποτελεσμα­τική.