Ο Εισαγγελέας Πρωτοδικών στην περιοχή όπου πραγματοποιήθηκε το περιβαλλοντικό έγκλημα, εκκινεί την ποινική διαδικασία αφού δεχθεί μία έγκληση ή μήνυση. Η μήνυση γίνεται συνήθως γραπτώς ενώπιον ενός προανακριτικού υπαλλήλου ή το δικαστήριο. Επίσης, ο Εισαγγελέας μπορεί να εκκινήσει την ποινική διαδικασία αυτεπαγγέλτως για οποιοδήποτε ποινικό αδίκημα που έλαβε γνώση ανεπίσημα (π.χ. από την εφημερίδα).

Η ποινική διαδικασία έχει δύο στάδια, την προανάκριση (έρευνα ενός προανακριτικού υπαλλήλου, το άνοιγμα φακέλου) και τη διαδικασία στο ακροατήριο (δημόσια διαδικασία ενώπιον του δικαστηρίου).
 

Στο πλαίσιο της προανακριτικής διαδικασίας, ο Εισαγγελέας, μετά τη λήψη της μήνυσης διατάσσει την προκαταρκτική έρευνα (συλλογή των αποδείξεων, ακροάσεις μαρτύρων, τεκμηρίωση στοιχείων κλπ). Μετά από αυτήν ο Εισαγγελέας αποφασίζει αν η ποινική δίωξη είναι δικαιολογημένη, ή αν πρέπει να αρχειοθετήσει την υπόθεση.
 

Σε περίπτωση που ο Εισαγγελέας αποφασίσει να ασκήσει ποινική δίωξη ορίζει για την υπόθεση δικάσιμο ενώπιον του αρμόδιου δικαστηρίου που συνοδεύεται από το κατηγορητήριο, όπου αναφέρονται οι ενδεχόμενες παραβάσεις των ποινικών διατάξεων.
 

Σύμφωνα με το άρθ. 93 του Ελληνικού Συντάγματος σε συνδυασμό με το άρθρο 329 του Κώδικα Ποινικής Δικονομίας όλες οι δίκες γίνονται δημόσια. Οι αποφάσεις του Δικαστηρίου εκφωνούνται δημόσια. Κατ 'εξαίρεση, με σκοπό την προστασία της προσωπικής ή οικογενειακής ζωής των μερών, ο δημόσιος χαρακτήρας της δίκης μπορεί να περιορισθεί. Η απόφαση του Δικαστηρίου πρέπει να βασίζεται στα αποδεικτικά στοιχεία που παρουσιάστηκαν κατά τη διάρκεια της δίκης.